Fakultas Agroindustri Universitas Mercu Buana Yogyakarta (UMBY) memiliki program studi sebagai berikut:
- Agroteknologi (S1) - Akreditasi A
- Industri Peternakan (S1) - Akreditasi A
- Teknologi Pangan/Teknologi Hasil Pertanian (S1) - Akreditasi A
- Magister Ilmu Pangan (Baik)